产品货号:
KL221104
中文名称:
全转录组扩增试剂盒
英文名称:
Whole Transcriptome Amplification Kit
产品规格:
20T
发货周期:
1~3天
产品价格:
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本制品是根据T7体外转录技术研发的WTA试剂盒。扩增得到的单链RNA能直接用于各种后续试验,包括NGS、qRT-PCR、芯片表达分析、杂交反应等。
一个细胞所含的所有转录产物又叫转录组Transcriptome,对其进行二代测序是研究基因表达的最新方法,但是很多样品(FACS分离的细胞、FFPE切片或少量细胞样品)细胞数量有限,质量不高,并且还没法进行第二次取样,所以常常需要先进行全转录组扩增Whole Transcriptome Amplification。WTA的方法之一是T7转录法,它既可以得到反义aRNA(Antisense Amplified RNA),也可以再以反义aRNA为模板继续得到正义aRNA。
其制备反义aRNA的原理图如下:
- 即开即用,用户不需要单独准备每个成分并进行优化。
- 只需要半天即可制备反义aRNA(相当于mRNA的互补RNA链),只要一天即可制备正义aRNA(相当于mRNA)。
- 以50ng mRNA为模板一般能制备10μg左右的、长度在200~1500bp之间的反义aRNA;以50ng aRNA为模板一般能制备40μg左右的、长度在200~1000bp之间的正义aRNA。
- 能保持RNA样品中各分子的相对丰度,Pearson相关性系数一般在0.9-0.95以上(跟起始模板用量、制备的是反义还是正义aRNA相关)。
- 体外转录时加入自备的标记UTP,可以制备标记的aRNA。
组分 | 规格 |
微量核酸沉淀剂 | 10mL |
cDNA第一链合成反应液(含dNTP) | 40μL |
T7-Oligo-dT引物干粉 | 20T |
MMLV逆转录酶(200U/μL) | 20μL |
5×cDNA二链合成缓冲液 | 160μL |
20×cDNA二链合成酶混合液 | 40μL |
E.coli外切酶I(20U/μL) | 40μL |
微量核酸沉淀剂 | 10mL |
2×T7体外预配液 | 0.5mL |
T7 RNA聚合酶-RI混合液 | 50μL |
RNase-free水 | 1mL |
保存:-20℃,有效期1年。
本试剂盒足够做20次全转录组扩增(制备反义aRNA算一次,再制备正义aRNA算两次)。
75%乙醇、RNA纯化试剂盒、RNase-free DNase。
一、样品RNA的制备(本制品不含相关试剂)
总RNA样品的浓度必须在500pg~50ng/μL,一次反应所需总RNA的量为500pg~50ng。RNA的RIN值最好在2以上。
二、一管式双链cDNA的合成
在0.5mL PCR管中,设置双链cDNA合成反应,用户可以根据需要设置阴性对照。
- 首次使用本试剂盒时需要在T7-Oligo-dT引物干粉管中加入20μL RNase-free水溶解引物得到0.1μg/μL,然后根据每次实验的用量再稀释部分到所需的浓度。T7-Oligo-dT引物所需量按每2ng RNA加1ng引物的比例加,如果模板RNA(含mRNA)是50ng,则加25ng引物。如果模板总RNA(含mRNA)是10ng,则加5ng引物。
- 按下表加入各成分:
成分 用量 自备的总RNA 1μL(500pg~50ng) T7-Oligo-dT溶液(X ng/μL) 1μL - 65℃ 5分钟后室温放置2分钟,短暂离心后放4℃。
成分 用量 cDNA第一链合成反应液(含dNTP) 2μL MMLV逆转录酶(200U/μL) 1μL - 轻柔吹打混匀后4℃ 2分钟,25℃ 30分钟,42℃ 60分钟逆转录,70℃ 15分钟灭活酶。
- 再加入下列成分:
成分 用量 RNase-free水 25μL 5×cDNA二链合成缓冲液 8μL 20×cDNA二链合成酶混合液 2μL - 轻柔吹打混匀后,短暂离心,4℃保温1分钟,25℃保温10分钟,50℃保温30分钟,80℃灭活20分钟,最后4℃放置待用。所得为双链cDNA产物。
- 按下表加入各成分:
成分 用量 超纯水 38μL E.coli外切酶I(20U/μL) 2μL - 总体积80μL,37℃ 60分钟。
三、双链cDNA的纯化
- 在80μL样品中加入180μL微量核酸沉淀剂,颠倒混匀后室温15000g离心15分钟,小心去上清。
- 再加入1mL自备的75%乙醇,15000g离心3分钟,小心去上清。
- 短暂离心,小心去残留上清约50μL。
- 敞开盖子短暂放置3分钟,加入20μL RNase-free水溶解沉淀,然后定量,再用部分或全部cDNA溶液作为模板进行体外转录。
四、T7体外转录(50μL反应体系)
- 按下表设置50μL的体外转录反应,用户可以根据需要设置阴性对照:
成分 用量 cDNA模板 1~20μL 2×T7转录预配液 25μL T7 RNA聚合酶-RI混合液 2.5μL RNase-free水 至50μL - 42℃保温4小时。
- 不要超过4小时,否则T7 RNA聚合酶将降解掉合成的RNA。
五、后续实验
- 长度检测:取5μL T7扩增产物进行PAGE电泳检测。标准的反应结果是产生长度在200~1500bp之间的产物。
- PCR检测:如果产物将用于RT-PCR,则可以不经过纯化直接稀释后。
- 浓度和纯度检测:加入RNase-free DNase降解DNA模板,用过柱法或酚氯仿抽提-乙醇沉淀法纯化RNA,去除DNA、引物和dNTP,在OD260的波长下测样品光吸收。由于扩增产物是反义单链RNA,故1OD260=40μg/mL。所得DNA可以放-20℃长期放置。
- 正义aRNA制备:用纯化的反义aRNA为模板,用试剂盒进行扩增,得到的就是正义aRNA。
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